如何安全的對食品、藥品等企業進行消毒凈化是這些企業最關心的，國際公認的最安全可靠的方法是使用臭氧發生器對食品、藥品生產包裝車間、更衣室、庫房等進行消毒，也是SC、GMP、HACCP等認證管理的一項基本要求，這也是無菌凈化工程中常用的手段。

實際上國內的很多企業對臭氧消毒滅菌的知識了解不多，同時又受到某些臭氧發生器廠家或設計單位的誤導，因此很多使用者對臭氧發生器的選購和使用不規范、不科學，達不到預期的消毒滅菌效果。

在國內食品、藥品企業傳統的消毒方法是使用紫外線燈照射，但紫外線的消毒效果受很多因素的影響，如照射強度、距離等，并且很容易存在消毒死角。而臭氧具有消毒滅菌速度快、無任何殘留物、消毒無死角、使用方便，并且效率高，科學驗證表明臭氧的消毒能力3000倍于紫外線，600倍于氯。所以近年來國家商檢、質量、衛生等監管部門已明確要求相關企業淘汰紫外線燈，推薦使用臭氧發生器對空間和生產用水進行殺菌消毒。

在無菌凈化工程中使用臭氧進行消毒時，車間內的臭氧濃度應該達到或超過10mg/m3的濃度標準；并且在達到這一標準后，繼續密閉消毒30分鐘。如果是對場所內的物品消毒，臭氧的濃度應適當提高。對于潔凈度較高的車間，如對10萬級、萬級的車間消毒時，臭氧濃度則應提高到20-30mg/m3。